Mẫu Cửu Trung Thiên thường được thờ ở một ban ngoài trời ở sân đền phủ với tên Mẫu Cửu Trùng, Mẫu Cửu Trùng Thiên hay Mẫu bán Thiên. Mẫu Cửu Trùng không giáng trần nên không có tích về Mẫu.

Mẫu Cửu Trùng là vị Thánh Mẫu đứng đầu Thiên phủ do Thiên phủ Chí tôn sắc lệnh hành sai. Mẫu ngự trên chín tầng mây, cai quản Tiên cung, lục cung sáu viện, hết thảy các Tiên thánh trên trời.

 Tượng Mẫu Cửu Trùng Thiên tại Đền Mẫu Cửu

Đền Mẫu Cửu Trùng Thiên tại Bằng Sở, một bên sát tường với Chùa Ngọc Minh, một bên sát tường với Đền Dầm (nơi thờ chính của Mẫu Thoải). Cùng với Đền Đại Lộ (thờ Tứ Vị Thánh Nương), cách đó hơn 200 mét, bốn ngôi đền trên đã tạo thành một cụm di tích tâm linh Ninh Sở.

 Đền Mẫu Cửu và chùa Ngọc Minh

Đền Mẫu Cửu Trùng có từ lâu đời nhưng có từ thời nào thì chưa được xác định cụ thể. Khả năng lớn nhất có lẽ vào thời Trần Nhân Tông, cùng thời ra đời của Đền Dầm.

 Một góc không gian Đền Mẫu Cửu

Thần tích Đền mẫu Cửu:

Theo nhà đền cho biết, vùng đất nơi đây trước đây là nơi sản xuất đồ mây tre đan. Có một người thường mang hàng qua sông để bán, nhưng thường hay ế hàng. Một sớm, ông mang hàng đi bán, khi đến gần bến sông, chợt thấy có một pho tượng dạt vào bến sông. Ông thấy lạ, lấy dây cột vào bờ và nói: "Tôi còn phải đi bán hàng đã, nếu ngài linh thiêng thì phù hộ cho tôi bán hết hàng, rồi tôi sẽ vớt ngài sau".

Không ngờ hôm đó khi tới chợ, vừa hạ hàng xuống, mọi người đã ồ ạt kéo đến tranh nhau mua. Vèo một cái đã hết hàng. Lấy làm lạ, ở chợ quay về, ông đã vớt tượng lên rồi vác về làng. Bức tượng nhẹ bỗng, ông cứ thế nhẹ nhàng vác về.

Nhưng đến vùng đất xây đền ngày nay, pho tượng bỗng trở nên nặng trĩu, không sao vác nổi nữa. Ông liền đặt ngôi tượng lại nơi này. Kể từ đó, ông hàng ngày hương khói nơi phố tượng.

Cũng kể từ ngày đó hàng hóa của ông bán chạy đến nỗi không còn để bán. Tiếng lành đồn xa, mọi người xa gần đều kéo đến đó cầu xin thì mọi việc đều linh ứng, hanh thông. Từ đó nơi này đã trở thành một ngôi đền.

Ngôi đền này, ngày trước là một ngôi đền thiêng vì thế cô ruột của vua Bảo Đại cũng đã từng đến đây cầu đảo. Hiện nay, nhà đền còn thờ một bức ảnh cô ruột của vua Bảo Đại tại một gian thờ nhỏ.

 Ban Tam Phủ Công Đồng Tứ Phủ Vận Linh tại tiền cung

Đền Mẫu Cửu Trùng trước đây đã là một ngôi đền cổ kính, khang trang. Năm 2004, ngôi đền bị hỏa hoạn. Hầu hết kiến trúc của ngôi đền bị hư hại. Ngôi đền hiện nay là ngôi đền được phục trang và tu bổ hoành tráng hơn so với đền cũ.

 Ban Trần Triều

Đền Mẫu Cửu Trùng gồm có 5 cung: Tiền cung, trung cung, thượng cung, hậu cung và cung cấm.

    - Tiền cung là Ban Công Công Tứ Phủ Vạn linh hay còn gọi là Ban Công Đồng.

    - Trung cung gồm có Ban Tam Giới nằm chính giữa, bên trái là Ban Trần Triều, bên phải là Cung Sơn Trang.

     - Thượng cung: Chính giữa là Ban Công Chúa Bản Đền với tả hữu thị vệ. Tại cung này còn phối thờ thêm tượng Cô Bơ Thoải Phủ và tượng Cô Đệ Nhất Thượng Thiên; bên phải là Ban thờ tượng Quan Hoàng Cả, Quan Hoàng Bơ; Cung bên trái thờ tượng Quan Hoàng Bảy, Quan Hoàng Mười.

     - Hậu cung: Chỉ có một cung thờ chính là Tứ Phủ Chầu Bà

    - Cung Cấm: Gồm có 3 tượng thờ. Chính giữa là thờ tượng Mẫu Cửu trùng; hai bên thờ Mẫu Đệ Nhị và Mẫu Đệ Tam.

 Ban Mẫu Đệ Tam trong Cung Cấm

Nét đặc biệt ở nơi đây, cung cấm thờ ngôi Mẫu Thượng Thiên là Mẫu Cửu Trùng Thiên chứ không phải Mẫu Liễu Hạnh. Tất nhiên, hai bên Mẫu Cửu Trùng Thiên là Mẫu Đệ Nhị và Đệ Tam như Tam Tòa Thánh Mẫu ở các đền phủ khác.

Có ý kiến cho rằng từ thời thượng cổ, khi chưa Mẫu Liễu Hạnh chưa ra đời, người ta thờ như vậy. Sau này, khi Mẫu Liễu Hạnh được tôn lên thành Mẫu Thượng Thiên thì Mẫu Liễu Hạnh đã được thế vào vị trí Mẫu Cửu Trùng trong Tam Tòa.

 Ban Tam phủ Công Đồng Tứ Phủ Vạn Linh

Có ý kiến khác cho rằng vào thời vua Lê thì Việt Nam thịnh hành Đạo Phật (du nhập từ Ấn Độ, Đạo Lão (du nhập từ Trung Quốc), người thiểu số ở vùng núi có tục thờ Sơn Trang, vùng đồng bằng có tục thờ Mẫu Thoải.

Vào đời vua Lê, khi Mẫu Liễu Hạnh trở thành Mẫu Thượng Thiên đã thống nhất tục thờ Mẫu Thoải, tục thờ Sơn Trang (xuất xứ của Mẫu Thượng Ngàn) lại thành Đạo Mẫu như ngày nay. Kể từ đó Việt Nam mới có một đạo riêng cho người Việt Nam.

 Ban thờ Mẫu Cửu trong Cung Cấm

Có ý kiến cho rằng Mẫu Cửu Trùng Thiên chính là Cửu Thiên Huyền Nữ của Trung Quốc. Cửu Thiên Huyền Nữ của Trung Quốc là một nữ thần với hình tượng linh thiêng huyền bí.

Nhiều ý kiến đều thống nhất cho rằng Mẫu Cửu Trùng Thiên được thờ ở Việt Nam có nguyên mẫu là Cửu Thiên Huyền Nữ nhưng đã mang hình hài và hồn dân tộc Việt. Nếu như vậy, theo các ý kiến này Mẫu Cửu Trùng Thiên được coi là vị thần của riêng Việt Nam chúng ta.

Một số địa điểm thờ Mẫu Cửu Trùng Thiên

Tại đền Cô Chín Sòng Sơn thì tại Cung Cấm là thờ Mẫu Cửu Trùng Thiên. Tương truyền, Cô Chín là hầu cận của Mẫu Liễu Hạnh, cô còn là hầu cận của Mẫu Cửu Trùng Thiên. Chính vì thế, Mẫu Cửu được thờ trong cung cấm của đền. Đền Cô Chín Sòng Sơn cũng được coi là nơi thờ chính của Mẫu Cửu.

 Tại Đền Rồng - Thanh Hóa cũng có môt cung thờ Mẫu Cửu Trùng Thiên. Cung này nằm sau ngôi đền và sát với vách đá.

 Nhưng có lễ đặc sắc nhất có lẽ là tại Đền Thượng Ba Vì trên núi Cổ Bồng mới đặt tượng Mẫu Cửu Trùng Thiên bằng đồng đúc mới được an vị ngày 16/10/2010 có kích thước lớn bằng người thật, nặng khoảng 1 tấn, cao 2,3 mét.

Ngày tiệc của Mẫu Cửu Trùng Thiên: Ngày 9 tháng 9 hàng năm.

Lê Hồng Thái