1. Chùa Trình (chùa Bí Thượng)

2. Chùa Suối Tắm

3. Chùa Cầm Thực

4. Chùa Lân

5. Suối Giải Oan

6. Chùa Giải Oan

7. Am Lò Rèn – Đường Tùng – Hòn Ngọc – Vườn tháp Huệ Quang

8. Chùa Hoa Yên

9. Thác Ngự Dội – Am Thiền Định – Thác Vàng

10. Chùa Một Mái

11. Am Diêm – Am Hoa – Am Dược

12. Chùa Bảo Sái

13. Chùa Vân Tiêu

14. Tượng đá An Kỳ Sinh

15. Cổng Trời – Bia Phật – Bàn Thờ Tiên

16. Chùa Đồng

1. Chùa Trình

Hay chùa Bí Thượng, nằm trên sườn đồi làng Bí Thượng thuộc tổng Bí Giàng, huyện Hưng Yên, tỉnh Quảng Ninh. Là nơi vua Trần Nhân Tông dừng chân nghỉ ngơi trước khi lên núi Yên Tử. 

Chùa Trình xưa được xây dựng từ thời hậu Lê. Ngôi Chùa Trình có kiến trúc kiểu “nội công ngoại quốc”, có Tiền đường, Chính điện thờ Phật, Tả vu, Hữu vu thờ Thập Bát La Hán, có nhà Tổ, thờ Tam Tổ Trúc Lâm, Ban Trần Triều, thờ Tam Tòa Thánh Mẫu, Tam Vương theo tín ngưỡng dân gian truyền thống của người Việt. Các pho tượng được đúc bằng đồng và tạc bằng gỗ Mít, gỗ Hương. Chùa Trình lợp ngói mũi hài. Trên bờ nóc Tiền đường đắp hàng gạch hoa Chanh, chính giữa đắp nổi bức Đại tự ghi ba chữ Hán “Bí Thượng Tự” (Chùa Bí Thượng), hai đầu nóc mái có hình đầu Rồng nổi ngậm bờ nóc, có sóng nước vân mây, các góc mái có đầu Rồng uốn cong hình sóng nước, vân mây vút lên.

Chùa Bí Thượng là ngôi chùa đầu tiên khi lên non cao Yên Tử, theo lễ nghi "đi trình về" đây là điểm xuất phát cũng là điểm kết thúc của hành trình gian nan.

 2. Chùa Suối Tắm

Nằm cách quốc lộ 18A rẽ vào Yên Tử 2km, qua dốc cửa ngăn bến xe Suối Tắm, nhìn xuống sẽ thấy chùa Suối Tắm đầm mình trong những tán lá xanh của cây đại thụ.

Chùa Suối Tắm tọa lạc trên thế đất tựa đầu rùa, một trong tứ linh, nên xem thế đất ấy rất tốt.

Truyền rằng sau khi vua Trần Nhân Tông cùng Bảo Sái ghé qua đây. Tiết trời nóng nực, nghe tiếng suối reo trong vắt, vua Trần đầm mình tắm mát, hòa với thiên nhiên, tiếng lảnh lót, tiếng gió phả về. Dòng suối cuốn trôi bụi trần của vùa về biển. Nên còn được đặt tên là Suối vua tắm.

Chùa suối tắm thờ Nguyệt Nga Công Chúa, (em gái ông Nguyễn Hữu Cầu – một lãnh tụ nông dân khởi nghĩa ở thế kỷ thứ XVIII). Nguyệt Nga công chúa mất khi còn trẻ nhưng có công đức phù giúp đất nước, che chở cho dân nên nghĩa quân chôn cất Bà ở đây và lập miếu thờ Bà, tôn Bà là Phúc Đẳng Thần trấn giữ cửa rừng này. Chùa Suối Tắm trở thành vị trí ngôi chùa Trình của hệ thống chùa, tháp Yên Tử vào thời Nguyễn thế kỷ XVIII. Miếu thờ Thánh Hoàng Nguyệt Nga linh thiêng, mầu nhiệm đã được trùng tu năm 2010. Miếu cách chùa Suối Tắm thuở xưa về bên phải khoảng 20m đi ven theo ngược dòng suối.

3. Chùa Cầm Thực

Nằm cách chùa Suối Tắm 2km, chùa Cầm Thực cách dốc Mụ Chị, Đông Triều Quảng Ninh. Chùa còn có tên là chùa Bóng Thiêng.

Chùa tọa lạc trên một hòn núi tròn, nhẵn hình dáng như mâm xôi đầy, nằm ở phía bên trái đường vào Yên Tử. Nhiều người ví cảnh đẹp chùa Cẩm Thực chẳng khác chốn Bồng Lai.

Truyền rằng hơn 700 năm trước khi vua Trần Nhân Tông cùng Bảo Sái sau khi xuống suối tắm gội sạch bụi trần tục thì trời đã sang trưa. Bảo Sái mở túi lấy cơm chay mời thầy dùng bữa mới sực nhớ ra cơm chay đã bố thí cho người ở Cửa Ngăn - chùa Suối Tắm. Nhưng vua Trần chỉ cười sau cùng Bảo Sái uống nước thay cơm rồi nghỉ trưa dưới bóng cây cạnh sườn núi hình mâm xôi. Từ đó núi được đặt tên là Cầm Thực (không ăn) tại đây xây chùa Cầm Thực, nhắc nhớ công ơn và tấm lòng từ bi bố thí của vua Trần.

4. Chùa Lân

Chùa Lân, Long Động tự hay Thiền Viện Trúc Lâm Yên Tử. Nằm tại địa phận thôn Nam Mẫu, xã Thượng Yên Công, Thành phố Uông Bí, tỉnh Quảng Ninh.

Chùa Lân là một trong những ngôi chùa quan trọng trong hệ thống chùa tháp của trường phái Trúc Lâm. Là nơi đầu tiên vua Trần dừng chân tại Yên Tử tu hành.

Tục truyền rằng sau khu vua cùng đệ tử Bảo Sái vượt bè đến Yên Tử. Vua cùng Bảo Sái nghỉ lại qua đêm ở đây. Đêm đó vua mơ thấy mình cưỡi rồng vàng, rồng vàng uốn lượn đưa vua vân du đến một động lớn, phía dưới có hồ nước xanh nở đầy hoa sen vàng tỏa ánh hào quang. Cánh hoa được đúc bằng bạc, tỏa hương thơm ngát. Mỗi cánh có một vầng hào quang, mỗi cánh cũng phát ra muôn tiếng nhạc. Rồng vàng đưa vua đi quanh động rồi đặt vua lên đài sen. 

Thức dậy, nhưng mùi hương vẫn còn. Vua gọi Bảo Sái dậy thuật lại giấc mơ kỳ dị đó. Thầy trò thắp lửa, lạ thay thấy một bầy rồng đất nằm quanh tự bao giờ. Vùa truyền đặt tên là Động Rồng.

Sau thời Trần, các thiền sư vẫn tiếp nối tục "truyền đăng lục diệm". Thời nhà Lê, thiền sư Chân Nguyên đã có công chấn hưng Phật pháp và biên soạn Thiền tông bản hạnh, kiến tính thành phật và thiền sư Tuệ Nguyên in Trúc Lâm tam tổ, Tuệ Trung thượng sĩ ngữ lục tại chính Viện Kỳ Lân.

Sân chùa còn ba ngôi tháp cổ. Hai ngôi trước Chính Điện là tháp Viên Minh và Viên Quang. Tháp nổi tiếng là Tịch Quang kim tháp, được triều đình nhà Lê ban sắc chỉ xây dựng năm 1726, ngự ở phía sau Nhà Tổ hiện tại, quàn xá lợi của Tuệ Đáng Hòa Thượng Tổ Chân Nguyên – một bậc Đại Giác Tuệ được triều Lê sắc phong là Tăng Thống Chính Giác Hòa Thượng. Phía trái tháp Tịch Quang, cây đa cổ thụ bảy trăm tuổi, tán lá xum xuê rợp vườn chùa. Rễ tạo nhiều thân. Hàng chục người ôm không xuể. Chẳng hiểu thân đa mọc lên từ đất ở thân nào. Một khóm rễ đã bao trùm lên gốc thị. Du khách ngỡ là cành thị mọc ra từ thân đa. Cùng vơi các tháp và nhiều cổ vật người xưa còn lưu lại, cây đa sau chùa cũng trở thành một chứng nhân lịch sử, tạo vật hiếm hoi được bảo tồn.

Nằm cạnh khu Di tích lịch sử và rừng quốc gia Yên Tử, chùa được xây dựng trên nên móng một ngôi chùa cũ, chùa được xây nên nhằm siêu độ cho các cung nga tới đây xin vua hồi tâm chuyển ý.

Trong sách Thiền môn có viết: “Nhân Tông từ thuở nhỏ, đã sớm ý thức được nguyên lý đạo Phật, ham chuộng cửa Không, chí muốn đi tu, chứ không ưng làm vua hưởng vinh hoa phú quý. Thánh Tông phải khuyên bảo: Sứ mệnh giao phó rất nặng nề, phải lo gánh vác trước hết. Nước nhà đang gặp buổi khó khăn trước cơn gian nguy do người phương Bắc sớm muộn gì cũng sẽ sang mưu sự thôn tính nước ta. Bổn phận cứu muôn dân trăm họ là trên hết, có được làm nổi thì sau mới có thể tính đến sự tu hành giải thoát bản thân và chúng sinh. Nhân Tông phải tuân lời lãnh nhiệm vụ chăn dân cứu nước. Sau khi đã làm tròn sứ mệnh bình đắc định nam xong, yên việc nước nhà, Nhân Tông mới lại đi tu, đắc đạo”

Bởi cái chí lớn với Phật pháp như vậy mà vua chỉ một lòng hướng Phật, chuyên chính tu hành. Truyền rằng, vì không muốn vua cha xuất gia nên vua Anh Tông đã ngầm sai các cung nga tới gần 100 người, theo cùng thượng hoàng tới Yên Tử, đến suối giải oan. Các cung nữ kêu gào mong thượng hoàng hồi chuyển tâm ý. Nhưng vẫn một lòng không lay chuyển, thấy thượng hoàng kiên quyết các cung nga gần 100 người đều tự vẫn tại suối giải oan.

Phật Hoàng thương cho tấm lòng trung của họ nên lập chùa Giải Oan để siêu độ.

Chùa có tên cũ là chùa Vân Yên, hay thường gọi là chùa Cả. Là chùa chính của Yên Tử. là ngôi chùa to lớn nhất, đẹp nhất trong khu di tích thắng cảnh Yên Tử. Đây là nơi đã chứng kiến thái thượng hoàng Trần Nhân Tông dứt bỏ hồng trần, một lòng hướng Phật. Cũng tại đây mà lập ra thiền phái Trúc Lâm.

Chùa tọa lạc trên núi Yên Tử ở độ cao 516m do Thiền sư Hiện Quang khai sơn. Ngài là đệ tử nối pháp của Thiền sư Thường Chiếu. Kế tiếp Thiền sư Hiện Quang là Quốc sư Trúc Lâm, Quốc sư Đại Đăng, Thiền sư Tiêu Diêu, Thiền sư Huệ Tuệ, Đại Đầu Đà Trúc Lâm tức Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông.

Tuy rằng Đại Đầu Đà Trúc Lâm thuộc thế hệ thứ 6 ờ Yên Tử, nhưng do Ngài đã thống nhất các Thiền phái đã có thành một Thiền phái Trúc Lâm nên người đời gọi Ngài là Trúc Lâm đệ nhất Tổ.

Thuở ban đầu, chùa Hoa Yên chỉ là một ang nhỏ khi vua Trần Nhân Tông lên Yên Tử tu hành. Chùa được các nhà sư thời Lý xây dựng, mái chùa lợp bằng lá. Chùa xưa có tên là Vân Yên (tức mây khói) với hàm ý: chùa tận trên núi cao quanh năm mây phủ, mây lững lờ trôi, trắng nhẹ như mây khói trên núi. Sau khi lên tu hành, vua Trần Nhân Tông đã thường xuyên mở các lớp truyền yếu kỷ thiền tông cho các đệ tử Pháp Loa, Huyền Quang, Bảo Sái, Pháp Không và các đệ tử khác ở đây.

 7. Chùa Một Mái

Chùa nằm trên một sườn núi nhỏ treo leo, cách chùa Hoa Yên về phía bên trái 500m. Nhằm vào vị trí giữa lưng trời nên một nửa chùa nằm sâu trong hang núi, nửa còn lại phô ra bên ngoài chỉ có một phần mái, đúng như tên gọi của chùa.

Chùa vốn là động Thanh Long, tương truyền Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông lập am Ly Trần (thoát trần tục) làm nơi đọc sách, soạn kinh. Sau khi đức Điều Ngự viên tịch, am xưa được dựng thành ngôi chùa Bồ Đà, một nửa mái chùa là vòm động, một nửa mái chùa phô ngoài trời nên chùa có tên là Bán Thiên, Bán Mái, ngày nay gọi là chùa Một Mái.

 8. Chùa Bảo Sái

Chùa nằm trên vách núi chênh vênh Yên Tử. Ở độ cao 724m so với mực nước biển. Chùa mang tên thiền sư Bảo Sái, đệ tử đầu tiên Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông. Từ chùa Một Mái theo hướng hành trình lên núi đi tiếp 500m sẽ tới chùa Bảo Sái.

Truyền rằng khi Phật Hoàng viên tịch, Bảo Sái là người duy nhất được gọi về nghe Phật Hoàng căn dặn những điều cuối cùng. Bảo Sái cũng là người có công trong việc coi sóc và ấn hành khinh Đại tạng triều Trần.

9. Chùa Vân Tiêu

Chùa Vân Tiêu tọa lạc ở phía Tây núi Yên Tử, ở độ cao 724m so với mực nước biển, cách chùa Bảo Sái men theo sườn núi khoảng 184m. Ngôi chùa như bức tường chắn ngang luồng gió biển thổi vào, hơi nước ngưng tụ bồng bềnh tựa mây. Ngôi chùa lúc ẩn lúc hiện trong những tầng mấy ấy vô cùng huyền diệu.

Xưa kia chùa chỉ là một am nhỏ, gọi là Am Tử Tiêu. Sau khi Phật Hoàng Trần Nhân Tông hiển Phật, đệ nhị tổ Trúc Lâm Pháp Loa đã cho xây dựng nơi đây thành chùa lớn. Năm 2001, tổ chức UNESCO chuyên nghiên cứu và ứng dụng Phật học ở Việt Nam đã công đức và cho xây lại chùa. Sau khi được phục dựng, chùa khánh thành vào tháng 3/2002.

 10. Chùa Đồng.

Chùa Đồng còn có tên khác là Thiên Trúc Tự (chùa cõi Tây phương Thiên Trúc) nằm ở vị trí cao nhất của núi Yên Tử. Trên độ cao 1068m chùa là nơi khách thập phương tới tham quan và chiêm bái nhiều nhất. Ngôi chùa cũng được ghi nhận là ngôi chùa nằm ở vị trí cao nhất Việt Nam. 

Chùa Đồng xưa khi Phật Hoàng tới Yên Tử và sau khi Ngài viên tịch đều chưa có. Chùa được xây dựng vào thế kỷ 17 thời hậu Lê, chùa ban đầu chỉ là một khám nhỏ đúc bằng đồng. Đến năm Canh Thân 1740 đời vua Lê Cảnh Hưng, một cơn bão làm lật mái chùa, kẻ gian lấy nốt phần còn lại, để lại các dấu tích hố cột trên mỏm đá.

Năm 1930, chùa Long Hoa có bà Bùi Thị Mỹ đã tái tạo chùa Đồng bằng bê tông cốt thép trên một hòn đá vuông nhằm trúng vị trí chùa Đồng cũ.

Ngày 03 tháng 6 năm 2006 dưới sự chủ trì của Tiến sĩ Phật học Đại Đức Thích Thanh Quyết (Thượng Tọa Thích Thanh Quyết) và Ban Quản lý Dự án chùa Đồng, bằng công đức thập phương trong và ngoài nước đã khởi lễ đúc chùa Đồng theo mẫu thiết kế của kiến trúc sư Trần Quốc Tuấn – Viện Bảo Tồn Di Tích. Chùa được khánh thành vào ngày 30 tháng 01 năm 2007, tọa lạc trên đỉnh non thiêng ở vị trí giữa hai ngôi chùa được xây dựng trước đây.