Hệ thống cây xanh trong công viên Bách Thảo (Hà Nội).  Ảnh: Minh Nguyễn

Khi Tiến sỹ Vũ Tông Phan lập Trường Hồ Đình năm 1835 thì cây đa này đã vững chắc, nghĩa là nó đã được trồng trước đó. Kiến trúc sư Tạ Mỹ Duật lúc còn sống đã xếp cây đa này vào loại "số 1 Đông Dương". Một cây đa khác cũng có tuổi đời không thua kém cây đa "số 1 Đông Dương" là cây đa ở đền Ngọc Sơn.

Trận bão năm 1977 đã làm cây đa này bật rễ. Ngay sau đó người ta đã dùng tời kéo thân nó đứng dậy rồi chống cột và cho đến hôm nay, cây đa vẫn sống và tỏa bóng. Con đường quanh Hồ Gươm khánh thành vào đầu năm 1893 đã lấy mất sân đền Bà Kiệu nhưng người ta vẫn để lại cây đa.

Một cây đa nữa cũng vào hàng cao niên là cây đa ở 87 phố Hàng Gai. Nhà nghiên cứu Nguyễn Vinh Phúc cho rằng đó là cây đa Cô Quyền vì cạnh cây đa có quán nước của một người đàn bà tên Quyền. Trong cuốn "Nhớ gì ghi nấy" nhà văn Nguyễn Công Hoan thì nói đó là cây đa Cu Quyền vì Quyền chuyên làm thuê, tối ngủ dưới gốc cây. Còn nhà nghiên cứu Nguyễn Văn Uẩn lại gọi là cây đa Cửa Quyền bởi cây đa này gần Phủ Doãn (chỗ dân nghỉ ngơi khi vào cửa quan). Đối diện với siêu thị Intimex có một cây muỗm, khi người ta làm đường quanh hồ, Công sứ Bonnal đã cho giữ lại cây này. 

Trong bản đồ người Pháp vẽ năm 1890 ghi là Jardin d'essal (Vườn thí nghiệm thực vật). Khi mới hình thành, vườn có diện tích 33ha, đất đai không bằng phẳng, có gò núi do dồn đất lên cao, có ao hồ. Nhiều cây cối như: tre, chuối, các cây leo được chặt phá để mở lối đi lại. Vườn được chia làm 2 khu: Khu cao làm vườn Bách Thảo, khu thấp làm vườn ươm (sau tách riêng thành vườn ươm Laforge ở đầu phố Thụy Khuê). Laforge ươm các giống cây nhập từ Châu Phi, Châu Mỹ và Châu Âu.

Khi cây ở đây lớn lên tỏa bóng mát thì một số học sinh Trường Bưởi (Chu Văn An hiện nay) nhà ở xa, xe đạp không có, buổi trưa thường vào đây ngồi dưới bóng cây ôn bài. Còn những năm 1960, Bách thảo là nơi học về các loài thảo mộc của sinh viên trường dược. 

Để có bóng mát quanh năm và công nhân vệ sinh không vất vả vì lá rụng hết trong một thời gian ngắn, các nhà thực vật đã chọn những giống cây mà lá rụng rải rác và chỉ là lá già. Cùng với tiêu chí đó, họ cũng trồng mỗi phố một loài cây để tạo ra kiến trúc phong cảnh, phố Phan Đình Phùng chủ yếu là sấu, Lý Thường Kiệt chủ yếu là cơm nguội và quả này có sức hút với trẻ em vì nó dùng để nhồi vào súng phốc bắn rất đau.

Tuy nhiên do cơm nguội hay bị sâu ruỗng trong thân nên phố này nay người ta trồng thay bằng phượng. Đoạn đầu phố Lò Đúc là cây sao đen, những năm 1960, cứ chiều đến hàng nghìn con cò đỗ trên ngọn cây và chúng ỉa làm hè phố trắng phân cò nên nhiều người gọi Lò Đúc là "bang cò ỉa". Trên phố Nguyễn Du thì trồng hoa sữa... Riêng với xà cừ, do rễ giống cây này ăn ngang và không chịu được nước nên họ chỉ trồng ở khu vực đất cao. 

Đặc điểm sinh học của cây gạo là vào mùa xuân, lá rụng hết và đến tháng 3, trên cành khẳng khiu hoa bắt đầu nở đỏ ối, vào những ngày có sương mỏng, hoa gạo đỏ mờ bên hồ giống như bức tranh lụa. Tuy nhiên cây gạo không có tác dụng che mát và cành giòn nên rất nguy hiểm trong mùa mưa bão.

Vậy tại sao người ta vẫn trồng? Trong cuốn sách của một giáo viên người Pháp từng dạy ở Trường Trung học bảo hộ viết rằng: "Tôi ngạc nhiên tại sao quanh Hồ Gươm lại có 2 cây gạo, vì theo tôi hiểu biết thì giống cây này thường được trồng ở đầu làng hay cánh đồng tại các tỉnh đồng bằng Bắc Kỳ với ý nghĩa là nơi trú ngụ cho ma quỷ để nó tránh quấy nhiễu dân làng". Trong dân gian Việt Nam có câu "Thần cây đa, ma cây gạo", có lẽ chính quyền muốn trồng 2 cây gạo để ma quỷ khỏi quấy nhiễu tòa đốc lý? (nay là UBND thành phố). 

Thời bao cấp, trẻ con bị coi là hư hỏng nếu nhảy tàu điện và trèo cây (hái sấu và dính ve). Trong quá trình phát triển, các công trình dân sinh mọc lên trên khu vực nội đô và người ta đã chặt phá khá nhiều cây to. Khi khánh thành tòa nhà Vincom (cuối phố Bà Triệu) năm 2003, người ta đã xin được giấy phép đốn hàng chục cây xà cừ 60, 70 năm tuổi. Không ít nhà mặt phố đã giết cây chắn trước cửa hàng của họ bằng cách đổ dầu nhờn hay bóc lớp vỏ dưới gốc cây. Có những giống cây quý hiếm như cây chuông đỏ duy nhất của Hà Nội (ở phố Hàng Trống) cũng bị chặt hạ.