Tương truyền chùa Vĩnh Nghiêm có từ đầu thời Lý Thái Tổ (1010-1028), tên chữ là Vĩnh Nghiêm tự (永嚴寺). Thời vuaTrần Thánh Tông đều có các vị cao tăng tu hành nên được tu tạo nguy nga, tráng lệ. Khi vua Trần Nhân Tông từ bỏ ngôi vua thành người tu hành đến chùa Vĩnh Nghiêm, chùa Ngọa Vân (Yên Tử) thụ giới, lấy hiệu là Hương Vân Đại Đầu Đà, sáng lập lên phái Thiền tông của Phật giáo Việt Nam. Hương Vân cùng hai đệ tử Pháp Loa, Huyền Quang sáng lập, hoàn chỉnh phái Thiền tông Việt Nam gọi là Tam tổ.

 Nguyên chùa Ngọa Vân do sư Hiện Quang trụ trì, khi Hiện Quang viên tịch thì không còn nữa. Do Yên Tử là quê hương nhà Trần và nơi vua Trần Thái Tông lập phái Trúc Lâm ở đây nên Hương Vân Trần Nhân Tông thụ giới cả chùa Vĩnh Nghiêm và ở đây. Pháp Loa được ngài Hương Vân truyền pháp đã đi khắp nơi thuyết pháp, giảng bộ sách “Thiền Uyển Truyền Đăng Lục”. Khi Hương Vân viên tịch, Pháp Loa làm lễ hoả táng, xây tháp mộ ở núi Yên Tử, dâng tôn hiệu là “Đại Thánh Trần Triều Trúc Lâm Đầu Đà Tĩnh Tuệ Giác Hoàng Điều Ngự Tổ Phật” gọi là Trúc Lâm đệ nhất Tổ. Rồi Pháp Loa về chùa Vĩnh Nghiêm trụ trì, xây dựng nơi đây thành trung tâm Phật giáo, đào tạo Tăng đồ và xếp đặt Tăng chức, chỉ đạo các chùa trong cả nước. Pháp Loa cho đúc 1.300 pho tượng, được đặc trách định Tăng đồ, đã có hơn 15.000 tăng ni, đệ tử, trong đó có hơn 3.000 đắc pháp, mở 200 sở đường… Cho soạn lại các sách “Đoạn Sách Lục, Tham Thiền, Yếu Chỉ”. Năm 1330, Pháp Loa giao lại cho Huyền Quang đã sang chùa Quỳnh Lâm trụ trì, vài tháng sau thì viên tịch, được phong là “Tĩnh Chi Tôn Giả”, làm Trúc Lâm đệ nhị Tổ.

 Về Huyền Quang, vốn người làng Vạn Tải thuộc bộ Vũ Ninh (Bắc Ninh), con của Lý Ôn Hòa (quan triều Lý Thần Tông), đỗ Trạng nguyên thời Trần. Khi còn đang làm quan, Huyền Quang hộ giá đến chùa Vĩnh Nghiêm gặp Pháp Loa giảng đạo, thế là tỉnh ngộ, về triều hai lần dâng biểu từ quan được Hương Vân giao trụ trì chùa Vĩnh Nghiêm. Huyền Quang đã soạn các bộ sách lớn: Chư Phẩm Kinh, Công Văn Tập, cho in kinh Phật, phân phát cho người nghèo, viên tịch năm 1334, được ban hiệu là “Trúc Lâm Đệ Tam Đại Tự Pháp Huyền Quang Tôn Giả”, làm Trúc Lâm đệ tam Tổ. Như vậy, trước khi Hương Vân đến Yên Tử, Pháp Loa đến chùa Quỳnh Lâm, thì đều đã trụ trì ở chùa Vĩnh Nghiêm. Cả ba vị Tam Tổ Trúc Lâm: Hương Vân (Đệ nhất Tổ), Pháp Loa (Đệ nhị Tổ) và Huyền Quang (Đệ tam Tổ) đều lấy chùa Vĩnh Nghiêm làm trung tâm giảng đạo.

Hiện nay, trong nhà Tổ đệ nhất còn đủ ba tượng Trúc Lâm Tam tổ: trong khám là tượng Hương Vân Trần Nhân Tông, bên ngoài là tượng Pháp Loa và tượng Huyền Quang. Nơi đây đã là đất tổ của đạo Phật thời Trần, đào tạo rất nhiều Tăng đồ.

Sau này có một số vị sư từ Bắc vào Sài Gòn đã cho xây dựng một ngôi chùa Vĩnh Nghiêm thứ hai tại số 339, đường Nam Kỳ Khởi Nghĩa, phường 7, Quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh. Đây là một ngôi chùa rất nổi tiếng tại Việt Nam. Hiện, ngôi chùa này còn nổi tiếng hơn cả ngôi chùa gốc – chùa Chùa Vĩnh Nghiêm (Bắc Giang).

 Kiến trúc

Chùa Vĩnh Nghiêm có quy mô lớn, tọa lạc trên mảnh đất khoảng 1 ha, bao quanh khuôn viên là luỹ tre dày đặc. Chùa được kiến trúc trên một trục, hướng đông nam gồm 4 khối: Toà Thiên đường, toà Thượng điện, nhà Tổ đệ nhất, gác chuông, nhà tổ đệ nhị và một số công trình khác. Mở đầu là cổng tam quan xây gạch, sau đó đi vào hơn 100 m là Bái đường (chùa Hộ).

Từ ngày dựng chùa, hai bên đường được trồng thông để thành chốn tùng lâm, có cây đường kính gần 1m. Trên sân chùa có một tấm bia to, 6 mặt, dựng năm Hoằng Định thứ 7 (1606) với nội dung ghi lại việc trùng tu chùa năm đó. Đối diện với tấm bia cổ là vườn tháp mộ trong đó là của 5 vị sư có tên tuổi các hòa thượng: Phù Lãng Trung pháp (hiệu Sa môn), Thông Duệ ứng Duyên, Thanh Quý, Tịnh Phương Sa môn, Thanh Hanh và một số tháp khác.

Khối thứ nhất kiểu chữ “Công” (工) gồm Bái đường, nhà Thiêu hương, Thượng điện với thiết kế khang trang lối tàu bảy, đao lá, mái 4 đao 8 kèo kiểu con chồng, thượng tam hạ tứ. Bên ngoài chùa trang trí đắp nổi lối “nề ngõa” hình cuốn thư có ba chữ hình kỷ hà, trang trí hồi văn, hoa lá chạy đường diềm bao quanh. Nội thất của Thiêu hương được trang trí, chạm khắc lộng lẫy. Trong 3 nếp chùa đều có cửa võng, chạm khắc hoa lá, chim muông, họa tiết tinh vi mềm mại cầu kỳ được sơn son thiếp vàng, trên là các hoành phi đại tự lớn.

 Khối thứ hai cũng làm theo kiểu chữ công nhưng thấp và nhỏ hơn. Đây là nhà Tổ đệ nhất thờ Tổ Hương Vân Trần Nhân Tông. Trong toà Tổ đệ nhất hiện nay có một tượng hậu đặt ở phía ngoài, 2 gian bên. Ba tổ Trúc Lâm đặt ở hậu cung, trên có tấm hoành phi “Trúc Lâm hội Thượng”.

Khối thứ ba là gác chuông cao 2 tầng 8 mái, treo một quả chuông lớn. Kiến trúc lầu chuông được kết hợp giữa cấu trúc gỗ và gạch, ở phần giữa bốn đầu bảy có treo những quả chuông đồng nhỏ (chuông gió).

Khối thứ tư, kết cấu kiểu chữ đinh (丁) là nhà Tổ đệ nhị thờ Tổ Pháp Loa.

Trước đây, hai bên còn có các dãy nhà Tả vu và Hữu vu, mỗi dãy 18 gian rộng rãi là nơi hàng năm các sư về an cư kiết hạ, và các kiến trúc phụ phục vụ sinh hoạt hàng ngày của tăng ni, Phật tử.

Chùa Vĩnh Nghiêm mới được trùng tu, quy mô nguy nga, tráng lệ như xưa, phục dựng lại tam quan theo nền cũ xây bằng gạch dài 7m, rộng 5m vỉa đá thành bậc rồng mây.

 Trên sân chùa có một bia đá to, gồm 6 mặt dựng năm Hoằng Định thứ 7 (1606). Ngay trước mặt tấm bia cổ là vườn tháp mộ của 5 vị sư: Phù Lãng Trung pháp (hiệu Sa môn), Thông Duệ ứng Duyên, Thanh Quý, Tịnh Phương Sa môn, Thanh Hanh và một số tháp khác.

Sau khi đã qua cổng tam quan, du khách có thể đi đến Tòa tiền đường, Thiêu hương, Thượng điện, Nhà tổ đệ nhất, Gác chuông, Nhà tổ đệ nhị, Hai dãy hành lang đông tây. Mỗi một kiến trúc tại đây đều được tu sửa theo lối cổ xưa để không làm mất bản sắc văn hóa hàng ngàn năm. Năm 1964 chùa được xếp hạng là di tích Lịch sử - Văn hóa cấp Quốc gia.

 Hiện nay, kho mộc thư vẫn lưu giữ được 34 đầu sách với gần 3000 bản khắc, mỗi bản có hai mặt, mỗi mặt 2 trang sách khắc ngược (âm bản) khoảng 2000 chữ Nôm, chữ Hán. Những bản khắc đó vẫn được lưu truyền tại nước ta với từng nét chữ sắc xảo, tinh tế. Ngày nay, những giá trị đó vẫn còn giữ nguyên bản, không bị hao mòn giá trị.

Diện tích chùa khoảng 1 ha, bao quanh chùa là lũy tre dày đặc. Hiện nay, chùa được tu tạo và tạo điều kiện thuận lợi cho du khách đến du lịch và lễ bái. Du khách có thể đi theo lộ trình như: cổng tam quan, đi sâu vào khoảng 100m nữa là bái đường hay còn gọi là chùa Hộ. Hai bên đường chùa được xây dựng những khóm thông khoảng tầm 1m để tạo thành tùng lâm.

Mộc bản chùa Vĩnh Nghiêm
Chùa Vĩnh Nghiêm xưa là nơi đào luyện tăng đồ Phật giáo nên là nơi tàng trữ để các bộ ván kinh xưa rộng tới 10 gian nhà. Đó là những bộ ván kinh có từ 700 năm nay, là kho sách cổ vô cùng quý giá, như: Sa di tăng Sa di lì tỷ khiêu lỵ (348 giới luật), bộ Yên Tử nhật trình từ thế kỷ 15 (quá trình hình thành phái Trúc Lâm), Hoa nghiêm sớ, Di đà sớ sao, Đại thừa chỉ quán, Giới kinh ni… Nhiều kệ ván in kinh vẫn còn.

Đó là kho ván khắc in, người xưa gọi là mộc thư khố là hiện vật minh chứng chùa Vĩnh Nghiêm từng thống lãnh 72 chốn tùng lâm. Hiện nay, kho mộc thư vẫn lưu giữ được 34 đầu sách với gần 3000 bản khắc, mỗi bản có hai mặt, mỗi mặt 2 trang sách khắc ngược (âm bản) khoảng 2000 chữ Nôm, chữ Hán.

Những bản khắc có niên đại sớm nhất, nhiều sách nhất, chữ chuẩn đẹp nhất và đạt đến độ tinh xảo, trong số mộc thư còn lưu giữ được ở nước ta. Từ những ván khắc đó, có thể in ra đủ biên lan, bản tâm, ngư vĩ, thiên đầu, địa cước. Biên lan có khung viền lề trang sách là một đường chỉ to và một đường chỉ nhỏ. Bản tâm cho biết tên sách, thứ tự trang sách.

Thượng hạ Bản tâm có Ngư vĩ theo kiểu song Ngư vĩ. Tả hữu, thượng hạ Biên lan có Thiên đầu – Địa cước. Các bản mộc thư chủ yếu ghi chép kinh luật nhà Phật, lịch sử hình thành và phát triển thiền phái Trúc Lâm, trước tác của 3 vị tổ thiền phái là Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang; ngoài ra còn có các tác phẩm thơ, phú, nhật ký của Mạc Đĩnh Chi và một số vị cao tăng.

Nghiên cứu mộc thư khố, chúng ta có lượng thông tin phong phú, đa dạng về lịch sử Phật giáo, tư tưởng hành đạo, nhập thế của thiền phái Trúc Lâm, văn học, phong tục tập quán cùng sự phát triển của nghề khắc in mộc thư và nghệ thuật chạm khắc gỗ của Việt Nam.

Đặc biệt một số mộc thư giới thiệu cách chữa bệnh bằng thuốc nam, cách châm cứu với bản sơ đồ chỉ dẫn các huyệt rõ ràng. Hiện nay phòng mạch của nhà chùa vẫn kế thừa các bài thuốc ghi trong mộc thư để chữa các bệnh về thần kinh, đau xưng khớp và các bệnh về tiêu hóa.

Việt Nam từng đệ trình lên UNESCO hồ sơ mộc bản kinh Phật chùa Vĩnh Nghiêm đề nghị công nhận là di sản tư liệu thế giới. Hồ sơ mộc bản kinh Phật chùa Vĩnh Nghiêm cũng đã lọt qua vòng sơ duyệt của UNESCO.[1] Trong kỳ họp của Ủy ban Ký ức thế giới khu vực châu Á – Thái Bình Dương diễn ra tại Bangkok – Thái Lan từ 14-16/5/2012, mộc bản kinh Phật chùa Vĩnh Nghiêm đã được công nhận là Di sản ký ức thế giới khu vực châu Á – Thái Bình Dương năm 2012.[2] Tối 6/10/2012, tại Bắc Giang, bà Katherine Muller Mari – Trưởng đại diện UNESCO tại Việt Nam đã trao Bằng công nhận mộc bản chùa Vĩnh Nghiêm là di sản tư liệu ký ức thế giới.[3] Sự kiện này được xếp thứ 2 trong 10 sự kiện văn hóa, thể thao và du lịch nổi bật nhất năm 2012 của Việt Nam.[4]

 Ảnh hưởng trong dân gian

Ai qua Yên Tử, Quỳnh Lâm
Vĩnh Nghiêm chưa tới Thiền tâm chưa thành
Ở Bắc Giang còn lưu truyền câu ca:
“Thứ nhất là chùa Đức La,
“Thứ nhì chùa Bổ, thứ ba chùa Tràng.”