Chùa Lân là địa điểm vua Trần Nhân Tông đã dừng chân trước khi lên Yên Tử tu hành. Năm Kỷ Hợi (1293) ngài đã cho tôn tạo, xây dựng chùa Lân thành một nơi khang trang lộng lẫy, chùa Lân trở thành Viện Kỳ Lân, là nơi giảng đạo, độ tăng. Trong hệ thống chùa tháp ở Yên Tử, chùa Lân là ngôi chùa quan trọng chỉ đứng sau chùa Hoa Yên, nơi có nhiều vị cao tăng đã trụ trì, thuyết pháp, trong đó vua Trần Nhân Tông đã từng giảng đạo tại đây. Trong Tam tổ thực lục, cuốn sách ghi chép về hành trang của ba vị sơ tổ Trúc Lâm, có phần chép khá tỉ mỉ bài giảng của Trần Nhân Tông tại Viện Kỳ Lân ngày mùng chín tháng Giêng năm Bính Ngọ (1306). Ngài thuyết pháp và trực tiếp trả lời các câu hỏi của sư môn. Theo các tài liệu phật giáo, chỉ có hai bài giảng của Trần Nhân Tông được chép lại, bài thứ nhất giảng tại chùa Sùng Nghiêm (Chí Linh - Hải Dương), bài thứ hai giảng tại Viện Kỳ Lân. Đệ nhị Tổ Pháp Loa và Tam tổ Huyền Quang cũng thường đến đây thuyết pháp, giảng kinh.

Chùa Lân nằm trên một quả đồi có hình dáng một con lân nằm phủ phục. Danh tiếng và sự nguy nga của chùa Lân còn được lưu truyền trong dân gian qua câu ca: Ngõ chùa Lân, sân chùa Muống, ruộng chùa Quỳnh. Hiện thời ngõ chùa Lân vẫn còn lưu dấu tích xưa, ngõ dài, rộng, hai bên có nhiều tháp mộ các nhà sư. 

Sau thời Trần, chùa Lân vẫn là thiền viện do các thiền sư nối tiếp “truyền đăng lục diệm. Thời nhà Lê, thiền sư Chân Nguyên, người đã có công chấn hưng Phật pháp đã biên soạn Thiền tông bản hạnh, kiến tính thành phật và thiền sư Tuệ Nguyên in Trúc Lâm tam tổ, Tuệ Trung thượng sĩ ngữ lục tại chính Viện Kỳ Lân.

Trong kháng chiến chống Pháp, chùa gần như bị thiêu huỷ hoàn toàn, chỉ còn hệ thống các mộ tháp gồm 23 tháp, trong đó tháp lớn nhất là tháp mộ thiền sư Chân Nguyên. Nhằm tôn tạo lại chốn Tổ, bảo tồn và phát huy tinh thần Thiền phái Trúc Lâm, ngày mười chín tháng Giêng năm Nhâm Ngọ (2002), lễ đặt đá xây dựng chùa Lân - Thiền viện Trúc Lâm Yên Tử đã được tổ chức trang nghiêm, trọng thể. Công trình được xây dựng với sự khởi xướng của hoà thượng Thích Thanh Từ, Viện trưởng Viện Trúc Lâm Đà Lạt và công đức của các tăng ni, phật tử trong, ngoài nước. Nhân dịp ngày sinh của Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông, ngày 11 tháng 11 năm Nhâm Ngọ (2002) chùa Lân - Thiền viện Trúc Lâm Yên Tử được chính thức khánh thành trên diện tích gần 5 mẫu. Chùa được xây dựng bằng vật liệu hiện đại nhưng vẫn giữ được nét truyền thống của ngôi chùa Việt. Các công trình chính của chùa gồm Chính điện, Nhà thờ tổ, Lầu trống, Lầu chuông, Nhà tăng, La Hán đường... Bài trí trong chùa đơn giản, khoáng đạt, dùng ngay chữ quốc ngữ trên các hoành phi, câu đối.

Hiện tại, ở chùa Lân có một số hiện vật quý, độc đáo. Trong toà Chính điện có tượng đồng Thích ca mâu ni nặng gần 4 tấn, là pho tượng đồng lớn nhất tại Yên Tử hiện nay. Ngoài ra chùa Lân - Thiền viện Trúc Lâm Yên Tử còn có một pho tượng độc đáo khác, đó là tượng Bồ Đề Đạt Ma làm bằng gỗ dáng hương có nguồn gốc từ Nam Mỹ. Tượng cao 3,2m, bệ đỡ cao 0,65m, chiều rộng bệ đỡ 0,95m, nặng khoảng 3,2 tấn với những đường nét chạm khắc tinh tế. Pho tượng được đặt sau Chính điện, trước nhà thờ Tam tổ Trúc Lâm, do các phật tử thành tâm công đức.

Trước sân thiền viện đặt một quả cầu Như ý báo ân Phật bằng đá hoa cương đỏ (rubi), đường kính 1,590m, trọng lượng 6,5 tấn được lấy từ mỏ đá An Nhơn (Quy Nhơn). Quả cầu được đặt trên một bệ đá có tiết diện vuông, nặng 4 tấn, bên ngoài là bể nước hình bát giác với tám bồn hình cánh hoa bao quanh tượng trưng cho bát chính đạo. Quả cầu đã được trung tâm Sách kỉ lục Việt Nam xác định: Quả cầu Như ý lớn nhất Việt Nam.

Trong La Hán đường có bộ tượng gỗ mười tám vị La Hán được chạm khắc tinh tế, đủ các dáng điệu tư thế và lai lịch của từng vị. Du khách được chứng kiến những trạng thái cuối cùng của các vị tu hành đắc đạo đang trên con đường giải thoát về cõi vĩnh hằng. Bộ tượng gỗ gợi nhớ tới chùa Tây Phương và bài thơ nổi tiếng của nhà thơ Huy Cận: Các vị La Hán chùa Tây Phương.