Núi Tử Trầm: Ở xã Phụng Châu, huyện Hoài Đức. Đại Nam nhất thống chí ghi: Giữa đất bằng nổi lên mấy ngọn cao chót vót dưới có động, trên có chùa Vô Vi, núi nước kề nhau. Xưa, vua Lê dựng hành cung ở đây, đào hồ ở ven núi để tiện đi thuyền, vì thế gọi là núi Long Châu, Phụng Châu. Trên núi có đá âm và đá dương, tương truyền khi nào đá dương kêu thì trời nắng, đá âm kêu thì trời mưa. Trong hang Trầm có một số đá tạc khoảng thế kỷ 17.

Núi Mã: Còn gọi là núi Tiên Lữ ở xã Tiên Phương, huyện Hoài Đức, cao 50m. Trên có chùa Trăm Gian nằm giữa những cây trám cổ thụ, đặc biệt có vài chục gốc thông già vài trăm năm xòe tán rộng che mát cả ngọn núi.

Núi Sái: Ở thôn Thụy Lôi, xã Thụy Lâm, huyện Đông Anh, còn có tên là núi Quy Mẹ, một trong bảy ngọn núi giếng như bảy con rùa. Trên núi có đền thờ Huyền Thiên, gọi là Chùa Sái, tương truyền vị thần này xưa giúp An Dương Vương xây thành Cổ Loa.

Ở nội thành cũng có núi, nhưng cao không quá hai chục mét, phần lớn ở quận Ba Đình, gồm:

Núi Sưa: Núi có nhiều cây sưa, độ cao của núi là 16m. Nay ở trong khu vườn Bách Thảo, trên đỉnh núi còn đền thờ Huyền Thiên Hắc Đế (người ta vẫn gọi lầm núi này là núi Khán, núi Nùng).

Núi Nùng còn gọi là núi Long Đỗ, có nghĩa là rốn rồng, vì ở giữa núi có một lỗ thông xuống dưới đất (?). Lý Thái Tổ dựng chính điện ở trên núi. Đời Lê, năm 1430, xây điện Kính Thiên trên nền cũ này. Núi hiện nay không còn, chỉ còn bốn bệ rồng đá là dấu vết điện Kính Thiên cũ.

Núi Khán là ngọn núi đất thấp ở phía bắc thành Hà Nội cũ. Thời Lê thường làm nơi vua ngự xem duyệt binh, lâu rồi thành tên. Núi đã bị san bằng hồi cuối thế kỷ 19. Vị trí ở vào khoảng trước cửa Phủ Chủ tịch bây giờ. Ngoài ra, nằm trong khu vực giữa đường Thụy Khuê và đường Hoàng Hoa Thám thuộc quận Ba Đình còn có các núi đất, gồm núi Cung cao nhất 18m, tương truyền cung điện dựng ở đây; núi Cột Cờ cao 13m; núi Voi (còn gọi là núi Thái Hòa), cao 14m ở phía Đông núi Cột Cờ; núi Trúc cao 11m ở làng Vạn Phúc; núi Bò cao 8m cạnh hồ Thủ Lệ.

Vùng núi Ba Vì

Vùng núi Ba Vì với diện tích khoảng 7.000ha bao gồm một vùng sinh thái hoàn chỉnh, cao từ 100m trở lên với các xã Ba Vì, Minh Quang, Tản Lĩnh và khu vườn Quốc gia Ba Vì.

Núi Tản Viên, ngọn cao nhất 1.281m, giữa hơi thắt cổ bồng trên xòe như cái tán nên gọi là đỉnh Tản Viên. Sườn phía đông thoai thoải, sườn phía tây dốc hơn. Trên núi có Hang Hùm ở độ cao 840m, hang Da Dê ở độ cao 705m. Ngọn phía đông tục gọi là đỉnh Ngọc Hoa hay núi Bà, cao l.220m và đỉnh phía Tây cao 1.120m.

Trong sơn hệ Ba Vì còn có các thác nước lớn như Ao Vua ở phía bắc cao 25m, thác Hương phía đông bắc cao 20m. Các suối Ổi, suối Mít, suối Soạn, đặc biệt có Khoang Xanh với dòng suối Tiên dài gần 7km.

Địa hình gò đồi dưới chân và bao quanh núi Ba Vì có dạng bát úp như đồi Vai cao 113m là quả đồi lớn nhất vùng, trấn mạn đông bắc; dãy đồi lượn sóng thuộc xã Xuân Sơn nối tiếp theo nhau như đàn rùa đang chạy tạo nên dãy đồi Đùm, truyền thuyết dân gian cho là Sơn Tinh gánh đất đắp thành lũy chống Thủy Tinh bị đứt quai, lọt sọt đã đánh rơi đất ra đấy (Đồi Đùm đứt quai, đồi Vai lọt sọt).

Đây là vùng bảo tồn thiên nhiên có nhiều hệ động thực vật quý hiếm, gồm 80 họ hơn 780 loài, trong đó hơn 200 loại dược liệu quý, hàng trăm loại rau rừng và quần thể phong lan quý hiếm. Vùng núi Ba Vì đã trồng hàng ngàn hécta hệ cây trồng tạo nên vốn rừng quý. Hệ động vật cũng đa dạng , về chim dã có 114 loại thuộc 44 họ, 17 bộ và nhiều loài thú gấu, chồn, cáo, tê tê, sóc...

Hiện nay từ độ cao 600m trở lên là rừng tự nhiên nhiều tầng, trùng điệp đa dạng sắc thái. Ở độ cao 400m khí hậu ôn hòa, nhiệt độ trung bình cả năm hơn 20 độ C, giữa mùa Hè có lúc nhiệt độ chỉ 18 độ C. Về khoáng sản ở vùng này có vàng sa khoáng trữ lượng khá, quặng, amiăng, quặng pyrit trữ lượng lớn đang khai thác và nhiều loại đá quý đá xây dựng rất có giá trị. Ba Vì còn có nhiều di tích lịch sử văn hóa, nhiều đình chùa nổi tiếng như Tây Đằng, Chu Quyến, Tường Phiêu, chùa Mía có khu K9 lưu giữ nhiều dấu tích Chủ tịch Hồ Chí Minh.

Đây là một nhánh của vùng núi từ Suối Rút, tỉnh Hòa Bình chạy ra đến Hòn Nẹ ở ngoài khơi huyện Kim Sơn-Ninh Bình, dài trên 120km, bề ngang chiếm toàn bộ vùng trũng sông Đà, rìa đông là sông Tích và sông Đáy.

Hai dãy Nương Ngái và Hương Sơn chạy theo hướng tây bắc-đông nam trên 30km, làm ranh giới giữa hai tỉnh Hòa Bình và Hà Nội (mới) ở địa phận huyện Mỹ Đức, bắt đầu từ Miếu Môn xuống xã Hợp Tiến. Đường 73 vào Chợ Bến đi qua giữa Nương Ngái và Hương Sơn. Dãy Nương Ngái dựng đứng như một bức tượng thành, ruộng ăn sát vào tận chân núi. Vùng này được cấu tạo chủ yếu bằng đá vôi với các đỉnh núi thường chỉ cao 100-300m.

Dãy Nương Ngái - còn có tên là dãy núi Rạng, có hai đỉnh cao 281m và 233m. Dãy Hương Sơn có đỉnh Thiên Trù cao 378m. Toàn thể hai dãy núi rộng khoảng 5.770ha.

Tổng cộng có gần trăm hòn núi đá vôi , hình dáng kỳ quái như núi Trượng, núi Sư Tử, núi Hàm Long, núi Trống, núi Chiêng, núi Gà, núi Yên Ngựa. Nước mưa còn đào lòng đá vôi thành nhiều hang động hoặc ngang dọc, hoặc thẳng đứng như hang Dơi, hang Rắn, như các động đá Trượt, Linh Sơn, Bồng Lai, Tiên Cảnh, Ngọc Long.

Long Vân là một nhánh của suối Yến, ngược suối là đến động Long Vân chùa Thanh Sơn, Hương Đài. Suối Tuyết chảy ra sông Đáy ở bến Phú Yên, ngược suối là chùa Bảo Đài rồi lên chùa Tuyết Sơn.

Hương Sơn có trên 15 động và chùa nổi tiếng, diện tích tự nhiên trên 3.000ha đã bị nước xẻ thành phễu đá, hố thụt, tách khỏi núi cũ ra thành những núi sót rải rác giữa những thung lũng tròn. Vào động Hương Tích, nhìn xuống lòng động, ta thấy ở dưới là hai lũng đã được nối liền với nhau và vách núi đá cũ đã thành một núi đá vôi sót lại.