Đến thăm FITO, ai cũng trầm trồ bởi nội thất của bảo tàng được thiết kế hoàn toàn bằng gỗ với nhiều họa tiết rất tinh xảo. Chủ nhân bảo tàng sử dụng những khung cửa của nhà gỗ xưa, chủ yếu được chuyển từ vùng đồng bằng Bắc Bộ vào, để không gian của FITO thêm phần cổ kính. Trong số đó có một khung nhà cổ được gia đình lương y Vũ Hữu Ấn ở xã Kiêu Kỵ, huyện Gia Lâm - Hà Nội tặng.
Kho tàng quý giáYếu tố quan trọng làm nên giá trị của FITO chính là hơn 3.000 hiện vật quý liên quan đến y học cổ truyền Việt Nam từ thời kỳ đồ đá cho đến nay đang được lưu giữ, trưng bày tại đây. Có thể kể đến bộ sưu tập dao cầu - thuyền tán có tuổi đời khoảng 2.500 năm, dùng để cắt thuốc, tán thuốc.
Trong bộ sưu tập này có một số dao cầu được mang về từ quê hương của thiền sư Tuệ Tĩnh và đại danh y Hải Thượng Lãn Ông - Lê Hữu Trác. Tiếp đến là bộ sưu tập ấm chén thuốc từ thế kỷ XVI, trong đó một số chén uống thuốc là bản gốc của những nhà thuốc cổ, như: Lục Hòa Đường...
Bộ sưu tập cân - giã thuốc khá đặc sắc gồm các hiện vật như chày cối, cân ta, cân Tây, bào thuốc, ván gỗ, triện gỗ để in hóa đơn thuốc và toa thuốc. Bộ chày, cối bằng đá của người Việt cổ dùng để bào chế thuốc.
Những chiếc chày, cối bằng đồng thường được sử dụng trong các nhà thuốc hay các hãng bào chế dược phẩm từ thời Pháp thuộc cùng với những chiếc cân tiểu ly dùng để cân dược liệu quý, được các thương gia người nước ngoài đưa vào Việt Nam từ khoảng thế kỷ XVI, XVII. Đa dạng nhất phải kể đến bộ sưu tập ấm hay siêu sắc thuốc được sưu tầm từ khắp các địa phương như Hà Đông (Hà Nội), Hội An (Quảng Nam), Lái Thiêu (Bình Dương)...
FITO còn sưu tập một kho tàng sách Hán - Nôm về y học cổ truyền với hơn 100.000 trang, trong đó có nhiều sách quý như Nam dược thần hiệu, Y tông tâm tĩnh của Hải Thượng Lãn Ông (28 tập, 66 quyển), được xem là bách khoa toàn thư về y học cổ truyền Việt Nam.
Đến FITO, du khách còn chiêm ngưỡng tác phẩm Việt Nam bách gia y được chạm bằng gỗ, ghi tên tuổi 100 vị danh y và những người có công với nền y học cổ truyền Việt Nam từ thế kỷ XII đến thế kỷ XX. FITO còn độc đáo bởi việc tái hiện sinh động bằng hình ảnh các hoạt động y học cổ truyền qua mô hình nhà thuốc bắc, nhà thuốc nam.
Trong đó, ấn tượng nhất là bức tranh cẩn xà cừ chủ đề “Y học cổ truyền trong cuộc sống cộng đồng người Việt” với phố thuốc bắc, chợ Bến Thành, kinh thành Huế và hồ Gươm... Chủ nhân bảo tàng này cũng đã dày công hệ thống hóa nhóm các cây thuốc, động vật, khoáng sản... làm thuốc rất bài bản, khoa học.
Sống mãi với thời gian 
Bảo tàng FITO được xây dựng từ năm 2003, đến đầu năm 2007 đưa vào sử dụng; quy mô 1 trệt, 5 lầu và 18 phòng với tổng diện tích sử dụng gần 600 m2. Các phòng trưng bày hiện vật tuy nhỏ nhưng được bố trí rất hài hòa khiến du khách ngỡ ngàng, thán phục. Sau một vòng viếng thăm FITO, du khách sẽ được các lương y, bác sĩ tại đây tham vấn sức khỏe.
Chủ nhân của bảo tàng này là ông Lê Khắc Tâm. Dù không xuất thân từ ngành bảo tàng nhưng với niềm đam mê nghiên cứu y học cổ truyền dân tộc, ông Tâm và các cộng sự đã dành rất nhiều thời gian đi khắp nơi, kể cả ra nước ngoài, để tham quan, sưu tầm các hiện vật ngành y cổ xưa.
Ông còn tìm đến quê hương và nơi làm việc của các danh y nổi tiếng như Tuệ Tĩnh, Hải Thượng Lãn Ông... để sưu tầm những tài liệu, hiện vật quý. Năm 2008, Bảo tàng FITO đã được trung tâm sách kỷ lục Việt Nam xác lập kỷ lục là “Bảo tàng Y học cổ truyền tư nhân đầu tiên ở Việt Nam”.
Theo bà Nguyễn Thanh Hằng, người quản lý Bảo tàng FITO, mục đích của chủ nhân bảo tàng này là lưu giữ những giá trị văn hóa truyền thống của cha ông sống mãi với thời gian. Tuy còn khiêm tốn về số lượng và chất lượng nhưng với những gì hiện có, FITO mong muốn thế hệ sau biết được quá trình hình thành và phát triển của y học cổ truyền Việt Nam.